Στον παράλιο οικισμό του Πανόρμου, 20χλμ περίπου νότια της πόλης του Ρεθύμνου, βρίσκεται η μεγάλη παλαιοχριστιανική βασιλική, η οποία σύμφωνα με την παράδοση είναι αφιερωμένη στην Αγία Σοφία.

Η βασιλική χρονολογείται στον 5ο – 6ο αιώνα, φαίνεται όμως να έχει άλλες δύο τουλάχιστον κατασκευαστικές περιόδους. Καταστράφηκε βίαια, πιθανόν λόγω των αραβικών επιδρομών του 7ου αιώνα, όπως συμβαίνει και με άλλες βασιλικές την εποχή αυτή στην Κρήτη. Ωστόσο η εύρεση νομισμάτων, καθώς και επιγραφές δηλώνουν τη χρήση του χώρου τουλάχιστον έως τον 9ο αιώνα.

Πρόκειται για μια τρίκλιτη ξυλόστεγη βασιλική με εγκάρσιο κλίτος, συνολικού μήκους 54μ. και μέγιστου πλάτους 23μ. Τα τρία κλίτη του ναού χωρίζονταν μεταξύ τους με υψηλούς στυλοβάτες που έφεραν κίονες με κιονόκρανα κορινθιακού τύπου. Οι διαστάσεις του ναού μαρτυρούν ότι η αρχαία Πάνορμος ήταν μεγάλη και ισχυρή πόλη.